Lige ved udløbet fra Søndersø til Jonstrup Å blev der tilbage i 1150 til 1200 anlagt en befæstet gård med volde og palisadebefæstning på holmen i Søndersø.
Området omkring borgen blev ryddet fro træer og brugt til agerbrug. Der har været tale om en ganske anseelig befæstet gård. Placering kan i dag virke mærkelig, men dengang var Søndersø væsentligt større. Gården lå på Bedstemorholmen i Søndersø og var beskyttet af vand til flere sider.
Gården blev anlagt af den magtfulde Hvideslægten, som ikke langt derfra i Knardrup havde en hovedgård, Knardrupgaard. Borgen ved Søndersø fungerede sandsynligvis som en forpost, som kunne advare om fjender ved at antænde blus på en høj.
Den befæstede gård fik navnet Jonstrup. Flere kilder mener, at der må være tale om Ridder Jon Raymothsen. Han blev i 1230 far til Jon Jonsen Little, som formentlig voksede op på gården. Jon Jonsen Little har en stor betydning for lokalhistorien i Værløse.
For da han i 1248 mageskiftede alle sine besiddelser i Witherløse, underskrev han Værløses dåbsattest.
Jon Jonsen Little var en del af Hvideslægten som i århundrede dominerede på Sjælland. I 1286 blev Hvideslægten dømt for medvirken til mordet på Konge Erik Klippinge i Finderup Lade og blev gjort fredløse i Danmark. Af en eller anden grund blev lige præcis Jon Jonsen Little ikke dømt. Han beholdt borgen ved Søndersø, som først i 1370 overgik til Bispen i Roskilde. Det var Ridder Bo Falke af Værløse, som gav alt sit gods til Biskop Henrich Roskilde. Bo Falke var en fremtrædende skikkelse i Valdemar Atterdags tid som konge.
Borgen menes at være ødelagt ved fjendehånd i 1435. Det skete i forbindelse med en tumultarisk periode i dansk historie.
Senere blev Jonstrupgaard opført på borgens marker og gav dermed liv til landsbyen Jonstrup.
Stedet er markeret med en rød pæl. Det er gjort af Jens Hald, da han lavede projektet Oldtidsstier. Lokationen er fastslået af Nationalmuseet, som har fundet murstensrester.
Museum Nordsjælland er i gang med udgravninger på Jonstrup Naturkirkegård, hvor der er fundet spor af en udflyttergård fra samme tid som Ridders Jons borg ved Søndersø.
Kilder: Værløse Historiske Forenings Årsskrifter 1961, 1994 og 1998.
